ella metà del duecento i frati Agostiniani scelsero questo terreno nella zona dell'oltrarno fiorentino per costruire prima un'oratorio, poi una chiesa.
I frati si integrarono perfettamente con quel popolo fiorentino; con il passare del tempo si accrebbe il prestigio della loro chiesa, tanto che nel 1343 fu ampliata e arricchita di affreschi.
Nel 1445 circa, la famiglia Frescobaldi finanziò i lavori di rinnovamento della chiesa, guidati dal grande Brunelleschi, che morì due anni dopo. I lavori allora, passarono a Antonio Manetti e poi ad altri. La chiesa fu completata solo nel 1487, e tre anni dopo venne aggiunto il campanile di Baccio d'Agnolo.
Più tardi furono uniti alla chiesa il Vestibolo del Cronaca, la Sagrestia del Sangallo, poi il primo ed il secondo chiostro.
La chiesa di Santo Spirito è di aspetto semplice ma di grande effetto, con la facciata liscia e chiara, interrotta dal rosone e dalle tre porte.
All'interno trovano spazio ben 38 cappelle, decorate da eccellenti artisti, a testimonianza della devozione delle grandi famiglie fiorentine. La Cappella Corsini, del 1300 e restaurata nel 1700, raggiungibile dal secondo chiostro, ospita tra le altre, le tombe gotiche di Tommaso e Neri Corsini.
La Chiesa di Santo Spirito si affaccia sull'omonima vasta piazza, nella quale si trova la fonana, un tempo posta dentro il chiostro del convento.